Амигдалин изолируется из горьких абрикосовых косточек (Prunus armeniaca) или горького миндаля путём этанольной экстракции, очистки и кристаллизации.
Это даёт белый кристаллический порошок чистоты ≥98%. Хотя исторически использовался в альтернативных нутрицевтических применениях, амигдалин подлежит строгому регуляторному контролю из-за высвобождения цианида и должен обрабатываться только квалифицированными специалистами в разрешённых контекстах.