L'amygdaline est isolée des noyaux d'abricot amer (Prunus armeniaca) ou des amandes amères par extraction à l'éthanol, purification et cristallisation.
Cela donne une poudre cristalline blanche d'une pureté ≥ 98%. Bien qu'utilisée historiquement dans des applications nutraceutiques alternatives, l'amygdaline est soumise à des contrôles réglementaires stricts en raison de la libération de cyanure, et ne doit être manipulée que par des professionnels qualifiés dans des contextes autorisés.