يُستخلص أميغدالين من نواة المشمش المر (Prunus armeniaca) أو اللوز المر عن طريق الاستخلاص بالإيثانول والتنقية والتبلور.
ينتج عن ذلك مسحوق بلوري أبيض بنقاء ≥98%. على الرغم من استخدامه تاريخياً في تطبيقات المكملات الغذائية البديلة، يخضع أميغدالين لضوابط تنظيمية صارمة بسبب إطلاقه للسيانيد، ويجب التعامل معه فقط من قبل متخصصين مؤهلين في السياقات المسموح بها.